Parcours universitaire

• Agrégation externe d’histoire (1994).
• Doctorat en histoire moderne (Université Montpellier III – 2000)
  Les huguenots et le roi. Le combat politique de Philippe Duplessis-Mornay (1572-1600), sous la direction d’Arlette Jouanna.
• Habilitation à Diriger des Recherches (Université Paris 1 – Panthéon Sorbonne – 2011)
  Le parti huguenot. Histoire d’une désillusion (1557-1572).
• Membre junior de l’Institut universitaire de France (2005-2010).

Fonctions et responsabilités actuelles

• Vice-président recherche et valorisation de la recherche de l’Université de Franche-Comté
• Vice-président du conseil académique de l’Université de Franche-Comté
• Coordinateur du Groupe de Recherche en Histoire des Protestantismes (GRHP)
• Président de la Société Henri IV
• Membre du Comité de rédaction des revues suivantes :
  • Le Verger, revue électronique.
  • Религия Церковь Общество (Religion, Church, Society).
  • Territoires contemporains, revue électronique.
  • French History.
  • Revue d’Histoire du Protestantisme (RHP).
  • Codex. 2000 ans d’aventure chrétienne.

Fonctions et responsabilités passées

• Vice-président recherche de l’Université Bourgogne-Franche-Comté (UBFC) (2020-2024).
• Responsable du Master Histoire, civilisations, patrimoine (2014-2022).
• Directeur adjoint du Centre Lucien Febvre (2014-2020).
• Membre titulaire élu de la 22^e section du CNU (2015-2020).
• Président de la commission disciplinaire à destination des usagers de l’uFC (2016-2020).
• Président de la Société Française d’Étude du Seizième Siècle – SFDES (2018-2021).
• Membre du Conseil d’administration de la Société Française d’Étude du Seizième Siècle – SFDES (2009-2021).
• Membre du Comité de rédaction de la revue Seizième Siècle (2009-2021).
• Membre du Conseil d’administration de la Fédération internationale des Sociétés et Instituts pour l’Étude de la Renaissance (FISIER) (2021-2024).
• Rédacteur en chef adjoint de la Revue d’Histoire du Protestantisme (2016-2021).
• Membre du Comité de rédaction du Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme Français (BSHPF) (2002-2016).
• Membre du jury de l’agrégation externe d’histoire (2000-2004).

Prix et distinctions

• Premier prix Gobert de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres 2003.
• Prix Chateaubriand 2014.

Thèmes de recherche

• Histoire politique du protestantisme en France et en Europe.
• Histoire de la pensée politique.
• Histoire des réseaux internationaux protestants.
• Histoire des institutions huguenotes.

Ouvrages

• Les huguenots et le roi. Le combat politique de Philippe Duplessis-Mornay (1572-1600), Genève, Droz, 2002, 696 p. (Premier prix Gobert de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres 2003).
• La Renaissance (vers 1470 – vers 1560), (avec Patrick Gilli et Michel Nassiet), Paris, Belin, 2003, 336 p.
• Les protestants dans la France moderne (avec Didier Boisson), Paris, Belin, 2006, 352 p.
• Le parti huguenot. Chronique d’une désillusion (1557-1572), Genève, Droz, 2014, 882 p. Réédition Genève, Droz, 2015, Collection « Titre courant », 882 p. (Prix Chateaubriand 2014).
• Un royaume en lambeaux. Une autre histoire des guerres de religion (1555-1598), Genève, Labor et Fides, 2022, 260 p.
• Histoire politique de la Réforme française (1540-1685), Paris, Perrin, 2025, 544 p.

Direction d’ouvrages

• Servir Dieu, le roi et l’État. Philippe Duplessis-Mornay (1549-1623), Études réunies par Hugues Daussy et Véronique Ferrer, Albineana 18, Paris, Champion, 2006, 695 p.
• Les hommes de loi et la politique (XVI^e-XVIII^e siècles), Études réunies par Hugues Daussy et Frédérique Pitou, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2007, 258 p.
• L’identité huguenote : faire mémoire et écrire l’histoire (XVI^e-XXI^e siècles), Études réunies par Philip Benedict, Hugues Daussy et Pierre-Olivier Léchot, Publications de l’Association suisse pour l’Histoire du refuge huguenot, Genève, Droz, 2014, 664 p.
• Les guerres de religion au XVI^e siècle : nouvelles sources, nouvelles recherches, nouvelle périodisation [en Russe], sous la direction de Hugues Daussy et Vladimir Chichkine, Saint-Pétersbourg, Moscou, Eurasia, 2015, 352 p.
• Protestantisme et reliques, numéro spécial de la Revue d’histoire du protestantisme, sous la direction de Hugues Daussy, 1 (2016), n°3, 176 p.
• Проблемы социальной истории и культуры Средних веков и раннего Нового времени [Politique et religion dans la France du XVIe siècle] [en russe], sous la direction de Hugues Daussy et Vladimir Chichkine, Saint-Pétersbourg, Proslogion, 2016, 340 p. (Consultable en ligne).
• 1570. Le mariage des arts au cœur des guerres de religion, sous la direction de Hugues Daussy, Isabelle His et Jean Vignes, Paris, Champion, 2019, 302 p.
• La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, 455 p.

Articles dans des revues à comité de lecture

• « Pourquoi commémore-t-on l’édit de Nantes ? », Europe, n° 828, avril 1998, p. 229-235.
• « Livres et papiers de Philippe Duplessis-Mornay : le destin de la “petite bibliothèque” et du chartrier de La Forêt sur Sèvre » (avec Pierre Gourdin), Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme français, 147 (2001), p. 629-653.
• « En débattant la religion, les religieux se gâtent. Duplessis-Mornay, Languet et Danzay en guerre contre les théologiens », Siècles. Cahiers du centre d’histoire « Espaces et cultures », 18 (2003), p. 93-103.
• « Les huguenots entre l’obéissance au roi et l’obéissance à Dieu », Nouvelle Revue du XVI^e siècle, n° 1/2004, p. 49-69.
• « Protestants et politique au XVI^e siècle : état de la recherche et perspectives », Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme Français, 150 (2004), p. 15-32.
• « Montaigne et Duplessis-Mornay : les mystères d’une correspondance », Montaigne Studies, 18 (2006), n° 1-2, p. 169-182.
• « L’action diplomatique de Calvin en faveur des Églises réformées de France (1557-1564) », Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme français, 156 (2010), p. 197-209.
• « Financing the Huguenot War Effort during the Early Wars of Religion, 1562-1570 », French Historical Studies, 38/4 (2015), p. 593-609.
• « Le protestantisme dans l’œuvre d’Henri Drouot. Une question marginale », dans ‘Henri Drouot, historien du XVI^e siècle’, Annales de Bourgogne, 87-88 (2015), p. 129-135.
• « Un diplomate huguenot au service de la couronne de France : Charles de Danzay, ambassadeur au Danemark (1548–1589) », Religiya. Tserkov’. Obshchestvo. Issledovaniya i publikatsii po teologii i religii [Religion. Church. Society: Research and publications in the field of theology and religious studies], Saint-Petersburg, 2015, vol. 4, pp. 264–281.
• « Un artifice rhétorique au temps des guerres de religion. L’usage du masque catholique dans la polémique huguenote », Histoire monde et cultures, religieuses, 35 (2015/3), p. 11-22.
• « Le mirage d’une France huguenote », Commentaire, 151 (2015), p. 666-670.
• « La diplomatie huguenote pendant les premières guerres de religion (1562-1570) », Proslogion, 13 (2016), n°1, p. 247-269.
• « Between God and Human Law. Divine Providence and the Huguenot Struggle for Security», Historisches Jahrbuch, 139 (2019), p. 250-257.
• « フランス王国におけるエリートと宗教改革――1550年―1570年 » [Les élites face à la Réforme dans le royaume de France (ca. 1520 – ca. 1570)] [en japonais], 思想 [Shisoh = Pensée], 10 (2017), n°1122, p. 63-83.
• « Le parti huguenot à l’épreuve de la révolte de Condé (1615-1617) », Dix-septième siècle, 293 (2021), p. 209-220.

Contributions à des ouvrages

• « Au cœur des négociations pour l’édit de Nantes : le rôle de Philippe Duplessis-Mornay », dans Coexister dans l’intolérance. L’édit de Nantes, Études réunies par Michel Grandjean et Bernard Roussel, Genève, Labor et Fides, 1998, p. 207-224. Paru également dans le Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme Français, janvier-juin 1998, tome 144, p. 207-224.
• « Fidélité et devoir d’obéissance au roi. La position de Philippe Duplessis-Mornay après la conversion d’Henri IV », dans Le livre entre Loire et Garonne. Un outil de guerre, de paix et d’oubli, Albineana 9, Paris, Champion, 1998, p. 59-77.
• « Obtenir un nouvel édit : le difficile combat des réformés (1593-1598) », dans L’édit de Nantes : sa genèse, son application en Languedoc, Études réunies par Arlette Jouanna et Michel Péronnet, Bulletin historique de la ville de Montpellier, tome 23 (1999), p. 53-64.
• « Gaspard de Schomberg : un médiateur au service de la paix », dans Paix des Armes. Paix des Âmes, Société Henri IV, Paris, Imprimerie nationale Éditions, 2000, p. 103-112.
• « La correspondance de Philippe Duplessis-Mornay : inventaire et typologie », dans L’épistolaire au XVI^e siècle, Cahiers V. L. Saulnier 18, Paris, Éditions Rue d’Ulm / Presses de l’École normale supérieure, 2001, p. 211-226.
• « Un diplomate protestant au service d’un roi catholique : Charles de Danzay, ambassadeur de France au Danemark (1515-1589) », dans Élites et notables de l’Ouest, XVI^e-XX^e siècles. Entre conservatisme et modernité, Études réunies par Frédérique Pitou, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2004, p. 277-294.
• Article « Philippe Duplessis-Mornay » dans le Dictionnaire de Michel de Montaigne, sous la direction de Philippe Desan, Paris, Champion, 2004, p. 690.
• « François Viète face aux troubles de religion : le parcours d’un “politique” ? », dans François Viète. Un mathématicien sous la Renaissance, sous la direction d’Evelyne Barbin et d’Anne Boyé, Paris, Vuibert, 2005, p. 235-251.
• « L’instrumentalisation politique et religieuse de l’histoire chez Philippe Duplessis-Mornay », dans Écritures de l’histoire (XIV^e-XVI^e siècles), Études réunies par Danièle Bohler et Catherine Magnien Simonin, Genève, Droz, 2005, p. 471-484.
• « La réception du concile de Trente par les protestants français », dans Autour du concile de Trente (XVI^e-XVII^e siècles), Études réunies et présentées par Marie Viallon, Saint-Etienne, Publications de l’Université de Saint-Étienne, 2006, p. 117-131.
• « L’insertion des Vindiciae contra tyrannos dans le combat politique aux Pays-Bas », dans Et de sa bouche sortait un glaive. Les monarchomaques au XVI^e siècle, Études réunies par Paul-Alexis Mellet, Genève, Droz, 2006, p. 101-120.
• « Introduction », dans Servir Dieu, le roi et l’État. Philippe Duplessis-Mornay (1549-1623), Études réunies par Hugues Daussy et Véronique Ferrer, Albineana 18, Paris, Champion, 2006, p. 15-21.
• « Bibliographie des travaux consacrés à Philippe Duplessis-Mornay », dans Servir Dieu, le roi et l’État. Philippe Duplessis-Mornay (1549-1623), Études réunies par Hugues Daussy et Véronique Ferrer, Albineana 18, Paris, Champion, 2006, p. 657-669.
• « Philippe de Mornay », dans Centuriæ latinæ II. Cent et une figures humanistes de la Renaissance aux Lumières. À la mémoire de Marie-Madeleine de La Garanderie, Contributions réunies par Colette Nativel. Avec la collaboration de Catherine Magnien, Michel Magnien, Pierre Maréchaux et Isabelle Pantin, Genève, Droz, 2006, p. 585-593.
• « Duplessis-Mornay et Henri IV. Chronique d’une relation entre foi et fidélité », Bulletin de la Société des Lettres, Sciences et Arts du Saumurois, 98e année, tome 156 (2007), p. 51-67.
• « La question de l’obéissance aux autorités dans l’œuvre d’Innocent Gentillet, magistrat réformé », dans Les hommes de loi et la politique, Études réunies par Hugues Daussy et Frédérique Pitou, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2007, p. 21-34.
• « Les élites face à la Réforme dans le royaume de France (ca. 1520 – ca. 1570) », dans La Réforme en France et en Italie : contacts, comparaisons et contrastes, Études réunies par Philip Benedict, Silvana Seidel Menchi et Alain Tallon, Rome, École française de Rome, 2007, p. 331-349.
• « La notion de parti dans l’Histoire Universelle d’Agrippa d’Aubigné », dans Lire l’Histoire Universelle, Hommage à la mémoire d’André Thierry, Albineana 19, Paris, Champion, 2007, p. 97-114.
• « Les enjeux politiques d’une conversion. Les relations épistolaires entre Jean Calvin, Jean Macar et François d’Andelot en 1558 », dans La foi dans le siècle. Mélanges offerts à Brigitte Waché, Études réunies par Hervé Guillemain, Stéphane Tison et Nadine Vivier, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2009, p. 253-261.
• « Jean Sturm et la France », dans Johannes Sturm (1507-1589). Rhetor, Pädagoge und Diplomat, Études réunies par Matthieu Arnold, Stuttgart, Mohr Siebeck, 2009, p. 339-353.
• « Les réformés français au cœur des conflits religieux (vers 1550-1659) », dans Les affrontements religieux en Europe (1500-1650), Paris, Presses de l’Université Paris-Sorbonne, 2009, p. 13-30.
• « Un phénomène européen ? Peut-on parler de Républiques calvinistes en France dans la seconde moitié du XVI^e siècle ? », dans Des villes en révolte. Les républiques urbaines aux Pays-Bas et en France pendant la deuxième moitié du XVI^e siècle, Études réunies par Monique Weis, Studies in European Urban History 23, Turnhout, Brepols, 2010, p. 65-76.
• « Louis de Nassau et le parti huguenot », dans Entre calvinistes et catholiques. Les relations religieuses entre la France et les Pays-Bas du Nord (XVI^e-XVIII^e siècle), Études réunies par Yves Krumenacker, avec la collaboration d’Olivier Christin, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2010, p. 31-43.
• « L’insertion de Bonaventure Vulcanius dans le réseau international protestant », dans Bonaventura Vulcanius, Works et Networks (Bruges 1538 – Leiden 1614), Études réunies par Hélène Cazes, Leyde, Brill, 2010, p. 167-183.
• « Noblesse réformée et défense de l’orthodoxie. Autour de l’affaire Morély », dans Le Salut par les armes. Noblesse et défense de l’orthodoxie (XIII^e – XVII^e siècle), Études réunies par Ariane Boltanski et Franck Mercier, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2011, p. 171-182.
• « Édouard Rott, historien de la diplomatie réformée française au XVI^e siècle. Les sources et leur interprétation », dans Édouard Rott (1854-1924). Un diplomate neuchâtelois au service des relations franco-suisses, Études réunies par Guillaume Poisson, Neuchâtel, Bibliothèque publique et Universitaire, 2011, p. 55-71.
• « Henri IV et l’édit de Nantes : les clés d’une négociation », dans Henri IV, entre légende et réalité, La Flèche, Prytanée national militaire, 2011, p. 57-71.
• « The elites and the politicization of the French Reformation : the work of Robert M. Kingdon and the origins of the Huguenot party », dans Revisiting Geneva : Robert Kingdon and the coming of the French Wars of Religion, sous la direction de Sara K. Barker, St Andrews, Centre for French History and Culture of the University of St Andrews, 2011, p. 37-51.
• « L’image du catholique dans la littérature polémique réformée à la veille des guerres de religion (1557-1560) », dans Énoncer/dénoncer l’autre. Discours et représentations du différend confessionnel à l’époque moderne, Études réunies par Chrystel Bernat et Hubert Bost, Turnhout, Brepols, 2012, p. 283-292.
• « Henri IV, de la légende au mythe », dans Huguenots et protestants francophones au Québec. Fragments d’histoire, sous la direction de Marie-Claude Rocher, Marc Pelchat, Philippe Chareyre et Didier Poton, Montréal, Novalis, 2014, p. 25-42.
• « Introduction » (avec Philip Benedict et Pierre-Olivier Léchot), dans L’identité huguenote : faire mémoire et écrire l’histoire (XVI^e-XXI^e siècles), Études réunies par Philip Benedict, Hugues Daussy et Pierre-Olivier Léchot, Genève, Droz, 2014, p. 13-33.
• « L’invention du citoyen réformé. L’expression de l’identité politique huguenote dans la littérature polémique et les premiers ouvrages historiques réformés », dans L’identité huguenote : faire mémoire et écrire l’histoire (XVIe-XXI^e siècles), Études réunies par Philip Benedict, Hugues Daussy et Pierre-Olivier Léchot, Genève, Droz, 2014, p. 37-48.
• « L’entrée en politique du prince de Navarre pendant la troisième guerre civile (1569-1570) », dans Mélanges en l’honneur de Jean-Pierre Babelon, textes réunis et édités par Isabelle Pebay-Clottes et Jacques Pérot, Pau, Société Henri IV – Château de Pau, 2014, p. 39-46.
• « Sully et les assemblées politiques huguenotes », dans Sully, le ministre et le mécène, Études réunies par Gilbert Schrenck, Marie-Dominique Legrand et Cécile Huchard, Albineana 26, Paris Champion, 2014, p. 193-205.
• « Le cardinal de Lorraine vu par les protestants en Europe : genèse et diffusion d’un portrait maléfique », dans Un prélat français de la Renaissance. Le cardinal de Lorraine entre Reims et l’Europe, Études réunies par Jean Balsamo, Thomas Nicklas et Bruno Restif, Genève, Droz, 2015, p. 123-137.
• « La diplomatie huguenote pendant les premières guerres de religion (1562-1570) », dans Les guerres de religion au XVI^e siècle : nouvelles sources, nouvelles recherches, nouvelle périodisation [en Russe], sous la direction de Hugues Daussy et Vladimir Chichkine, Saint-Pétersbourg, Moscou, Eurasia, 2015, p. 167-184.
• « Huguenot Political Thought and Activities », dans A Companion to the Huguenots, sous la direction de Raymond A. Mentzer et Bertrand van Ruymbeke, Leyde, Brill, 2016, p. 66-89.
• « L’internationale nobiliaire protestante au XVI^e siècle », dans Adel und Nation in der Neuzeit : Hierarchie, Egalität und Loyalität vom 16. bis zum 20. Jahrhundert, sous la direction de Martin Wrede et Laurent Bourquin, Ostfildern, Thorbeke, 2016, p. 103-115.
• « Introduction », dans Protestantisme et reliques, numéro spécial de la Revue d’histoire du protestantisme, sous la direction de Hugues Daussy, 1 (2016), n°3, p. 301-303.
• « Au cœur du parti huguenot : les Charentes pendant les premières guerres de religion », dans Les guerres de religion en Charentes, sous la direction d’Alain Mazère et Sixte de La Rochefoucauld, Verteuil, Éditions Drouin, 2016, p. 75-96.
• « Les enjeux des paix de religion au XVI^e siècle », dans Imaginer la paix en Europe. De la pax romana à l’Union Européenne, sous la direction de Jean-Luc Liez et Thomas Nicklas, Reims, Éditions et Presses Universitaires de Reims, 2016, p. 79-88.
• « London, Nerve Centre of the Huguenot Diplomatic Network in the Later Sixteenth Century », dans Huguenot Networks, 1550–1750. The Impact of a Minority in Protestant Europe, ed. by Vivienne Larminie, London, Routledge, 2017, p. 29-40.
• « De Josias à Hérode : l’image de Charles IX dans la littérature réformée », dans Miroirs de Charles IX. Images, imaginaires, symbolique, sous la direction de Luisa Capodieci, Estelle Leutrat et Rebecca Zorach, avec la collaboration de Youenn Morvan, Genève, Droz, 2017, p.135-145.
• « La surprise de Meaux », dans Histoires de Meaux, Histoire de France. Dix repères au fil des siècles, sous la direction de Damien Blanchard et Jean Trouchaud, Meaux, Éditions Fiacre, 2017, p. 83-106.
• « Granvelle et Lorraine, cardinaux maléfiques », dans Antoine de Granvelle, l’éminence pourpre. Images d’un homme de pouvoir à la Renaissance, sous la direction de Laurence Reibel et Lisa Mucciarelli-Régnier, Milan, Silvana Editoriale, 2017, p. 108-111.
• « Au miroir du parti huguenot. Le contexte de publication des Tragiques », dans “L’acier de mes vers”. Les Tragiques 1616-2016, Albineana 30, Paris, Champion, 2018, p. 49-59.
• « Entre sécurité et garantie. Places fortes et places de sûreté dans le discours politique huguenot de la seconde moitié du XVI^e siècle », dans Sicherheitsprobleme im 16. und 17. Jahrhundert – Bedrohungen, Konzepte, Ambivalenzen – Problèmes de sécurité aux XVI^e et XVII^e siècles – menaces, concepts, ambivalences, sous la direction de Horst Carl, Rainer Babel et Christoph Kampmann, Baden-Baden, Nomos, 2019, p. 195-211.
• « François Hotman, inspirateur de la pensée politique huguenote », dans Philippe Desan et Véronique Ferrer (dir.), Penser et agir à Renaissance. Thought and action in the Renaissance, Genève, Droz, 2019, p. 435-450.
• « Alexandre Dumas et Henri IV, ou l’Histoire enchantée », Cahier Alexandre Dumas, Cahiers de L’Herne, 2020, p. 150-154.
• « Une conscience tourmentée au révélateur de la guerre civile : Gilles de Gouberville », dans Journal de Gilles de Gouberville, vol. 3 (1559-1562), éd. par Marcel Roupsard et Philippe René-Bazin, Archives départementales de la Manche, 2020, p. 7-14.
• « Préface » (avec Laurent Bourquin) au livre de Nicolas Breton, Je les espreuve tous. Itinéraires politiques et engagements religieux des Coligny-Châtillon (mi XV^e-mi XVII^e siècle), Genève, Droz, 2020, p. 13-16.
• Article « Philippe Duplessis-Mornay », dans Encyclopedia of Renaissance Philosophy, éditée par Marco Sgarbi, Springer, 2022. En ligne.
• Article « Théodore de Bèze », », dans Encyclopedia of Renaissance Philosophy, éditée par Marco Sgarbi, Springer, 2022. En ligne.
• « ‘Requestes et remonstrances’. Anatomie de la plainte politique huguenote dans la seconde moitié du XVI^e siècle », dans Michele Bubenicek et François Foronda (dir.), Doléances. La plainte politique, voie de régulation des rapports gouvernants-gouvernés (XIII^e–XVIII^e siècle), Paris École nationale des chartes, 2022, p. 141-150.
• « Portrait d’un royaume déchiré », dans Visages des guerres de religion, sous la direction de Mathieu Deldicque, Paris, Éditions Faton, 2023, p. 12-19.
• « Être protestant », dans Les guerres de religion (1559-1610) : la haine des clans, sous la direction d’Olivier Renaudeau, Paris, In Fine éditions d’art, 2023, p. 18-23.
• « Le parti huguenot », dans Les guerres de religion (1559-1610) : la haine des clans, sous la direction d’Olivier Renaudeau, Paris, In Fine éditions d’art, 2023, p. 40-45.
• « La stratégie européenne du parti huguenot », dans Les guerres de Religion. Une histoire de l’Europe au XVI^e siècle, sous la direction de Nicolas Le Roux, Paris, Passés composés, 2023, p. 189-218.
• « Les plus loyaux et fidèles sujets. Les métamorphoses politiques du discours huguenot (1558-1589) », dans Power, aristocraties and propagande. Forms of legitimizing rulership in France and Moldavia (16th-17th centuries), sous la direction d’Andrei Salavastru, Ioan-Augustin Gurita et Sorin Grigoruta, Konstanz, Hartung-Gorre verlag, 2023, p. 37-51.
• « Charles Du Moulin (1500-1566) », dans Trésors du savoir, 1423-2023, 600 ans d’histoire(s) de l’Université de Franche-Comté, Besançon, PUFC, 2023, p. 184-185.
• « Introduction » (avec Philippe Chareyre), dans La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, p. 9-16.
• « Les assemblées et le système politique huguenot (1562-1598) », dans La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, p. 229-251.
• « L’organisation militaire du parti huguenot (1562-1598) », La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, p. 253-271.
• « Les chambres de justice », dans La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, p. 293-309.
• « Le pouvoir huguenot dans la ville », dans La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, p. 311-329.
• « La fin des institutions politico-militaires huguenotes (1598-1629) » (avec Mark Greengrass), dans La France huguenote. Histoire institutionnelle d’une minorité religieuse (XVI^e-XVIII^e siècles), sous la direction de Philippe Chareyre et Hugues Daussy, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2024, p. 273-291.

Vulgarisation de la recherche

• « 40 ans de guerres civiles. Du massacre de Wassy à l’édit de Nantes », Histoire du Christianisme Magazine, mars/avril 2012, n°59, p. 24-49.
• « La conversion d’Henri IV était inévitable. Interview de Hugues Daussy », Histoire du Christianisme Magazine, juillet/août 2013, n°67, p. 56-59.
• « Jean Calvin. Un esprit brillant au siècle de la Réforme », Histoire du Christianisme Magazine, mai/juin 2014, n° 72, p. 48-49.
• « Luther, un moine contre les papes », Codex. 2 000 ans d’aventure chrétienne, n°5, automne 2017, p. 37-85.
• « Les guerres de religion sont un laboratoire politique », interview dans Réforme, n° 3992, 27 avril 2023, p. 6-7.
• « Philippe Duplessis-Mornay, inlassable serviteur de la cause huguenote », Réforme, n°4019, 23 novembre 2023, p. 13.
• « Les 600 ans nous ont soudés autour d’une identité collective », interview dans La Presse Bisontine, n° 256, octobre 2023, p. 7.
• « Les guerres de religion », Codex. 2 000 ans d’aventure chrétienne, n°33, automne 2024, p. 29-89.
• Plusieurs « cours d’histoire » en ligne sur Storiavoce
• Participation à des émissions et documentaires sur France 2, France 3, KTO, RMC Story et Canal +.
• Participation à des émissions de radio sur France culture, RCF, Fréquence protestante et Radio Notre Dame.

Recensions

De très nombreuses recensions d’ouvrages parues dans les revues suivantes : Annales. Histoire, sciences sociales, Bibliothèque d’Humanisme et Renaissance, Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme français, Francia Recensio, French History, Renaissance and Reformation, Réforme, Humanisme, Renaissance, Revue de l’Histoire de l’Église de France, Revue d’histoire ecclésiastique, Revue d’histoire littéraire de la France, Revue d’histoire moderne et contemporaine, Revue suisse d’histoire.

Directions de thèses

Thèses soutenues

• Grzegorz Wierciochin, Le lexique de la tolérance et de l’intolérance chez Castellion, écrivain humaniste et réformateur dissident (codirection avec Patricia Lojkine, Université du Maine). Thèse soutenue le 7 mars 2016.
• Nicolas Breton, Pour Dieu, pour le roi, pour soi. Les engagements politiques et religieux des Coligny-Châtillon, du milieu du XV^e au milieu du XVI^e siècle (codirection avec Laurent Bouquin, Université du Maine). Thèse soutenue le 30 septembre 2017.
• Tomaso Pascucci, Rôles et pratiques de pouvoir en France dans la haute noblesse féminine : le cas des « princesses de la Ligue », 1548-1617. Thèse soutenue le 3 décembre 2022.
• Alexis Vuillez, Entre la Couronne et l’Évangile. Les diplomates protestants au service du roi de France (ca.1530 – ca. 1630). Thèse soutenue le 16 décembre 2023.

Thèses en cours

• Gary Alardin, Les armées de mercenaires étrangers dans les guerres de Religion françaises (ca. 1550-ca. 1600).
• Vivien Pichot-Muller, Présence et influence de la noblesse comtoise auprès des comtes de Bourgogne, de Charles le Téméraire à Charles Quint (1433-1558). 
• Steven Huguenin, Humanisme, irénisme et politique : Jean de Monluc, un prélat face à la rupture de l’unité confessionnelle (1508-1579) (codirection avec Marie Barral-Baron Daussy).