Le programme scientifique oriente les travaux du Centre selon trois grands axes :
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Axe 1 : Culture, idées et transmission en Occident XIIe-XVIIe siècles
Axe 2 : Savoir, techniques et territoires dans des sociétés en mutation XVIIe-XXe siècles
Axe 3 : L'Europe des régimes totalitaires (année 1930-1950)